Kun akvaario on sijoitettu sopivalle paikalle ja täytetty vedellä, alkaa akvaarion käynnistäminen eli kypsytys. Kypsyttämisen ideana on bakteerikannan kehittyminen ja akvaarion veden muuttuminen kaloille sopivaksi. Siten kalat voidaan laittaa akvaarioon turvallisesti 2-4 viikon kuluttua akvaarion perustamisesta. Akvaario on kypsytettävä, vaikka hanavesi onkin yleensä sellaisenaan altaaseen sopivaa, mutta siinä elää aivan liian vähän tarpeellisia hajottajabakteereja, jotta akvaarioon syntyvät lietteet ja kalojen ulosteet hajoaisivat, eikä altaaseen kehittyisi kaloille haitallisia yhdisteitä.
Akvaarion kypsymistä voidaan nopeuttaa laittamalla akvaarioon jotain bakteerikantaa kehittävää ainetta, kuten ammoniakkia tai jotain kaupallista bakteerikantaa kasvattavaa ainetta. Tämän tarkoituksena on saada bakteerikanta kasvamaan nopeammin, ja välttää kalojen altistuminen ammoniumille ja nitriitille. Kypsytyksen aikana kalattomassa akvaariossa näiden haitallisten aineiden pitoisuudet saavat turvallisesti nousta korkealle, ilman että kalat kärsivät. Parin, kolmen viikon kypsytyksen aikana bakteerikanta kasvaa niin suureksi, että akvaariossa ei esiinny lainkaan näitä aineita tai vain hyvin pieninä pitoisuuksina.
Kun akvaario on kypsytetty ja vesi on vesitestien avulla todettu kaloille sopivaksi, voidaan hankkia ensimmäiset kalat.
Lisätietoa kypsytyksestä löytyy osoitteesta: www.aquahoito.info/suomi/ohjeita/kypsytys.php